Introducción: Pneumocystis jirovecii es un microorganismo oportunista, que infecta fundamentalmente a individuos inmunodeprimidos. Sin embargo puede ocasionar un impacto negativo en individuos con algún tipo de inmunodeficiencia diferente al sida. La gestación, debido a los mecanismos de tolerancia inmunológica que se desencadenan durante este periodo, pudiera constituir un factor de riesgo para la colonización e infección por P. jirovecii. Objetivo: Determinar la prevalencia de colonización por P. jirovecii en embarazadas de diferentes periodos de gestación. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio de corte transversal en muestras de lavados orofaríngeos procedentes de 60 mujeres en los tres estadios de gestación y en 20 mujeres saludables en edad fértil, sin embarazo. Resultados: La reacción en cadena de la polimerasa anidada para el gen de la subunidad mayor del gen mitocondrial de Pneumocystis identificó 15 % (9/60) de prevalencia de colonización del microorganismo. La distribución de la positividad por trimestre fue 10 %, 25% y 10% para el primero, segundo y tercer trimestre respectivamente. No se detectó ADN de P. jirovecii en las mujeres saludables. Conclusiones: Este estudio permite obtener, por primera vez en el mundo Cuba, la prevalencia de P. jirovecii, en mujeres embarazadas de diferentes periodo de gestación. Además, contribuye a esclarecer detalles de la historia natural y la dinámica de la colonización del patógeno en este grupo poblacional. En paralelo, alertará a las autoridades sanitarias sobre el papel de las mujeres embarazadas como reservorio potencial de este patógeno, así como la necesidad de establecer acciones preventivas y estrategias apropiadas para el control de la enfermedad.